La base militaire est divisée en cinq principales zones avec leur propre accès à la mer. Classée d’est en ouest, on retrouve Vauban, Castigneau, Malbousquet, formant les trois entrées principales, Missiessy et Milhaud, entrées secondaires peu utilisées, mais dûment gardées.

Chaque quai attaché à une zone a une fonction différente. Le quai d’honneur accueille les bâtiments étrangers ou les navires à honorer, visible de tous. Les cales sèches et la darse Vauban sont dédiées à l’entretien des navires, comme les quais de Missiessy et de Malbousquet, spécialisé dans les sous-marins nucléaires d’attaque. Les quais de Milhaud accueillent la force d’action navale (frégates, porte-hélicoptères amphibies et porte-avions) et les bâtiments de soutien (pétroliers, ravitailleurs…).